Połączenie spółek z o.o. – skutki podatkowe dla spółek i wspólników
Połączenie dwóch spółek z o.o. może być podatkowo neutralne, ale wymaga spełnienia kilku konkretnych warunków. Trzeba osobno zbadać skutki po stronie spółki przejmującej, spółki przejmowanej oraz wspólników. Znaczenie mają także wcześniejsze reorganizacje, wartość podatkowa udziałów, sposób ujęcia majątku, straty podatkowe oraz rzeczywiste przyczyny ekonomiczne połączenia.
W praktyce najwięcej ryzyk pojawia się wtedy, gdy połączenie traktowane jest wyłącznie jako techniczna czynność rejestrowa. Z podatkowego punktu widzenia jest to zdarzenie, które może wpływać na CIT, PIT wspólników, VAT, PCC, amortyzację, rozliczenie strat i obowiązki sprawozdawcze.
Na czym polega połączenie spółek z o.o.?
Kodeks spółek handlowych przewiduje dwa podstawowe sposoby połączenia. W praktyce spółek z o.o. najczęściej występuje połączenie przez przejęcie, czyli przeniesienie całego majątku jednej spółki na drugą. Możliwe jest również połączenie przez zawiązanie nowej spółki.
§ 1. Połączenie może być dokonane:
- przez przeniesienie całego majątku spółki (przejmowanej) na inną spółkę (przejmującą) za udziały albo akcje, które spółka przejmująca przyznaje wspólnikom spółki przejmowanej (łączenie się przez przejęcie);
- przez zawiązanie spółki kapitałowej albo spółki komandytowo-akcyjnej, na którą przechodzi majątek wszystkich łączących się spółek za udziały albo akcje nowej spółki (łączenie się przez zawiązanie nowej spółki).
Dzień połączenia ma zasadnicze znaczenie dla skutków prawnych i podatkowych. To wtedy dochodzi do przejścia majątku, wykreślenia spółki przejmowanej i wejścia wspólników w strukturę właścicielską spółki przejmującej albo nowo zawiązanej.
Połączenie następuje z dniem wpisania połączenia do rejestru właściwego według siedziby, odpowiednio spółki przejmującej albo spółki nowo zawiązanej (dzień połączenia). Wpis ten wywołuje skutek wykreślenia spółki przejmowanej albo spółek łączących się przez zawiązanie nowej spółki, z uwzględnieniem art. 507.
Spółka przejmująca albo spółka nowo zawiązana wstępuje z dniem połączenia we wszystkie prawa i obowiązki spółki przejmowanej albo spółek łączących się przez zawiązanie nowej spółki.
Z dniem połączenia wspólnicy spółki przejmowanej lub spółek łączących się przez zawiązanie nowej spółki stają się wspólnikami spółki przejmującej bądź spółki nowo zawiązanej.
Podatkowo tę sukcesję uzupełnia Ordynacja podatkowa. Jej znaczenie jest bardzo praktyczne. Spółka przejmująca wchodzi zasadniczo w prawa i obowiązki podatkowe spółki przejmowanej, ale nie wszystkie pozycje podatkowe można traktować tak, jak zwykłe prawa majątkowe. Najlepszym przykładem są straty podatkowe.
§ 1. Osoba prawna zawiązana (powstała) w wyniku łączenia się:
- osób prawnych,
- osobowych spółek handlowych,
- osobowych i kapitałowych spółek handlowych
– wstępuje we wszelkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki każdej z łączących się osób lub spółek.
§ 2. Przepis § 1 stosuje się odpowiednio do osoby prawnej łączącej się przez przejęcie:
- innej osoby prawnej (osób prawnych);
- osobowej spółki handlowej (osobowych spółek handlowych).
CIT po stronie spółki przejmującej
Najważniejszy problem w CIT polega na tym, że ustawa rozpoznaje potencjalny przychód po stronie spółki przejmującej. Następnie przewiduje mechanizmy wyłączające ten przychód z opodatkowania, jeżeli spełnione są ustawowe warunki neutralności.
Przychodami, z zastrzeżeniem ust. 3 i 4 oraz art. 14, są w szczególności:
8c) ustalona na dzień poprzedzający dzień łączenia lub podziału wartość rynkowa majątku podmiotu przejmowanego lub dzielonego otrzymanego przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną w części przewyższającej wartość przyjętą dla celów podatkowych składników tego majątku, niewyższą od wartości rynkowej tych składników;
8d) ustalona na dzień poprzedzający dzień łączenia lub podziału wartość rynkowa majątku podmiotu przejmowanego lub dzielonego otrzymanego przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną w części przewyższającej wartość emisyjną udziałów (akcji) przydzielonych udziałowcom (akcjonariuszom) spółek łączonych lub spółki dzielonej, z tym że przychód nie powstaje w przypadku połączenia przeprowadzanego na podstawie art. 515(1) § 1 ustawy z dnia 15 września 2000 r. – Kodeks spółek handlowych;
8f) ustalona, w części odpowiadającej udziałowi spółki przejmującej w kapitale zakładowym spółki przejmowanej lub dzielonej, na dzień poprzedzający dzień łączenia lub podziału, wartość rynkowa majątku podmiotu przejmowanego lub dzielonego otrzymanego przez spółkę przejmującą ponad cenę nabycia udziałów (akcji) tej spółki w podmiocie przejmowanym – w przypadku gdy spółka przejmująca posiada w kapitale zakładowym spółki przejmowanej lub dzielonej taki udział.
Ten przepis pokazuje, że przy połączeniu trzeba porównać kilka wartości. Znaczenie ma wartość rynkowa majątku przejmowanej spółki, wartość przyjęta dla celów podatkowych oraz wartość emisyjna udziałów przyznanych wspólnikom. W połączeniu pionowym dodatkowo trzeba zbadać relację pomiędzy wartością majątku a historyczną ceną nabycia udziałów w spółce przejmowanej.
Podstawowa neutralność po stronie spółki przejmującej wynika z art. 12 ust. 4 pkt 3e ustawy o CIT. Przepis ten pozwala wyłączyć z przychodów określone składniki majątku przejmowanej spółki, jeżeli spółka przejmująca kontynuuje ich wartość podatkową i przypisuje je do działalności prowadzonej w Polsce.
Do przychodów nie zalicza się, w przypadku, o którym mowa w ust. 1 pkt 8c, wartości tych składników majątku podmiotu przejmowanego lub dzielonego otrzymanego przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną w drodze łączenia lub podziału podmiotów, które:
- spółka przejmująca przyjęła dla celów podatkowych w wartości wynikającej z ksiąg podatkowych podmiotu przejmowanego lub dzielonego oraz
- spółka przejmująca przypisała do działalności prowadzonej na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, w tym za pośrednictwem zagranicznego zakładu.
W praktyce oznacza to, że neutralność nie sprowadza się do samego wpisu połączenia w KRS. W dokumentacji połączeniowej i księgowo-podatkowej trzeba pokazać kontynuację wartości podatkowych. Szczególnej uwagi wymagają środki trwałe, wartości niematerialne i prawne, zapasy, rozliczenia międzyokresowe, wierzytelności oraz zobowiązania wewnątrzgrupowe.
Takie podejście potwierdza interpretacja Dyrektora KIS z dnia 3 września 2026 r. (nr 0114-KDIP2-1.4010.215.2026.2.JF), dotycząca skutków podatkowych połączenia spółek. Organ uznał stanowisko podatnika za prawidłowe w zakresie skutków połączenia spółek.
W przypadku połączenia uproszczonego warto zwrócić uwagę również na interpretację Dyrektora KIS z dnia 22 lipca 2026 r. (nr 0111-KDIB2-1.4010.247.2026.3.MN).
Połączenie spółek kapitałowych w trybie uproszczonym (…) nie będzie skutkować powstaniem przychodu.
Uzasadnione przyczyny ekonomiczne połączenia
Neutralność podatkowa połączenia wymaga również spojrzenia na cel transakcji. Ustawa o CIT zawiera szczególne przepisy antyabuzywne. Ich znaczenie rośnie przy połączeniach przeprowadzanych krótko po wcześniejszych aportach, wymianach udziałów, sprzedaży udziałów albo zmianach właścicielskich.
13. Przepisów ust. 4 pkt 3e-3h, 12 i pkt 25 lit. b oraz ust. 4d nie stosuje się w przypadkach, gdy głównym lub jednym z głównych celów połączenia spółek, podziału spółek, wymiany udziałów lub wniesienia wkładu niepieniężnego jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania.
14. Jeżeli połączenie spółek, podział spółek, wymiana udziałów lub wniesienie wkładu niepieniężnego nie zostały przeprowadzone z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych, dla celów ust. 13 domniemywa się, że głównym lub jednym z głównych celów tych czynności jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania.
Z mojego doświadczenia wynika, że przy połączeniu spółek z o.o. uzasadnienie ekonomiczne powinno być przygotowane przed dokonaniem czynności, a nie dopiero na etapie ewentualnej kontroli. Dobre uzasadnienie opisuje rzeczywisty problem gospodarczy, który połączenie rozwiązuje. Może nim być uproszczenie struktury, ograniczenie kosztów administracyjnych, połączenie zespołów, uporządkowanie finansowania, integracja działalności operacyjnej albo likwidacja podwójnych funkcji w grupie.
Opis powinien odpowiadać rzeczywistemu modelowi biznesowemu. Jeżeli spółka przejmowana nie prowadzi już działalności, trzeba wyjaśnić, dlaczego jej utrzymywanie nie ma sensu gospodarczego. Jeżeli połączenie dotyczy aktywnej spółki operacyjnej, trzeba pokazać, w jaki sposób działalność będzie kontynuowana po połączeniu.
Skutki CIT dla wspólnika będącego spółką
Połączenie może wywoływać skutki także po stronie wspólnika spółki przejmowanej. Jeżeli wspólnikiem jest inna spółka, punktem wyjścia jest art. 12 ust. 1 pkt 8ba ustawy o CIT. Przepis ten wskazuje potencjalny przychód odpowiadający wartości emisyjnej udziałów przydzielonych w następstwie połączenia.
Przychodami, z zastrzeżeniem ust. 3 i 4 oraz art. 14, są w szczególności ustalona na dzień poprzedzający dzień łączenia lub podziału wartość emisyjna udziałów (akcji) spółki przejmującej lub nowo zawiązanej przydzielonych wspólnikowi spółki przejmowanej lub dzielonej w następstwie łączenia lub podziału podmiotów, z zastrzeżeniem pkt 8b.
Jednocześnie ustawa przewiduje wyłączenie tego przychodu z opodatkowania, jeżeli spełnione są warunki dotyczące historii udziałów oraz kontynuacji wartości podatkowej udziałów otrzymanych w spółce przejmującej.
Do przychodów nie zalicza się w przypadku połączenia lub podziału spółek, przychodu wspólnika spółki przejmowanej lub dzielonej stanowiącego wartość emisyjną udziałów (akcji) przydzielonych przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną, o którym mowa w ust. 1 pkt 8ba, jeżeli:
- udziały (akcje) w podmiocie przejmowanym lub dzielonym nie zostały nabyte lub objęte w wyniku wymiany udziałów albo przydzielone w wyniku innego łączenia lub podziału podmiotów oraz
- przyjęta przez tego wspólnika dla celów podatkowych wartość udziałów (akcji) przydzielonych przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną nie jest wyższa niż wartość udziałów (akcji) w spółce przejmowanej lub dzielonej, jaka byłaby przyjęta przez tego wspólnika dla celów podatkowych, gdyby nie doszło do łączenia lub podziału.
W przypadku, o którym mowa w ust. 4 pkt 12 oraz ust. 11 pkt 3 i 4, ciężar dowodu, że udziały (akcje) nie zostały nabyte lub objęte w wyniku transakcji wymiany udziałów albo przydzielone w wyniku łączenia lub podziału podmiotów oraz wartość udziałów (akcji) odpowiada wartości określonej w tych przepisach, spoczywa na wspólniku.
Dla wspólnika będącego spółką szczególnie ważna jest historia nabycia udziałów w spółce przejmowanej. Jeżeli udziały zostały wcześniej otrzymane w ramach wymiany udziałów albo innej reorganizacji, neutralność po stronie wspólnika może być ograniczona. Trzeba także zadbać o dokumenty potwierdzające podatkową wartość udziałów.
W podobnym kierunku wypowiedział się Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 29 lipca 2026 r. (nr 0114-KDIP2-1.4010.273.2026.1.JF), dotyczącej skutków połączenia dla wspólnika będącego podatnikiem CIT.
Organ potwierdził prawidłowość stanowiska dotyczącego braku powstania przychodu podatkowego.
Skutki PIT dla wspólnika będącego osobą fizyczną
Jeżeli wspólnikiem spółki przejmowanej jest osoba fizyczna, analizę prowadzi się na gruncie ustawy o PIT. Konstrukcja jest podobna do CIT. Ustawa najpierw wskazuje potencjalny dochód z udziału w zyskach osób prawnych, a następnie przewiduje odroczenie opodatkowania w momencie połączenia, jeżeli spełnione są ustawowe warunki.
Dochodem (przychodem) z udziału w zyskach osób prawnych jest dochód (przychód) faktycznie uzyskany z tego udziału, w tym także w przypadku połączenia spółek lub spółek niebędących osobami prawnymi albo podziału spółek w innych przypadkach niż określone w pkt 7 – ustalona na dzień poprzedzający dzień połączenia lub podziału nadwyżka wartości emisyjnej udziałów (akcji) spółki przejmującej lub nowo zawiązanej, przydzielonych wspólnikowi spółki przejmowanej lub dzielonej, nad wydatkami na nabycie lub objęcie odpowiednio udziałów (akcji) w spółce przejmowanej lub dzielonej obliczonymi zgodnie z art. 22 ust. 1f albo art. 23 ust. 1 pkt 38 albo udziałów w spółce niebędącej osobą prawną; jeżeli podział spółki następuje przez wydzielenie majątku spółki stanowiącego zorganizowaną część przedsiębiorstwa, kosztem uzyskania przychodów są wydatki poniesione przez wspólnika na objęcie lub nabycie udziałów (akcji) w spółce dzielonej, ustalone w takiej proporcji, w jakiej pozostaje u tego wspólnika wartość wydzielonej z majątku spółki zorganizowanej części przedsiębiorstwa do wartości majątku spółki dzielonej bezpośrednio przed podziałem.
Odroczenie opodatkowania wynika z art. 24 ust. 8 ustawy o PIT. Wspólnik rozpoznaje ekonomiczny ciąg dalszy swojej inwestycji dopiero przy późniejszej sprzedaży udziałów spółki przejmującej albo nowo zawiązanej.
W przypadku połączenia spółek lub podziału spółek, o którym mowa w ust. 5 pkt 7a, z zastrzeżeniem ust. 8da i 8db, dochód (przychód) wspólnika spółki przejmowanej lub dzielonej nie podlega opodatkowaniu w momencie połączenia lub podziału spółek; przy ustalaniu dochodu z odpłatnego zbycia udziałów (akcji) spółki przejmującej lub nowo zawiązanej wspólnik ustala koszt uzyskania przychodów na podstawie:
- art. 22 ust. 1f – jeżeli udziały (akcje) w spółce przejmowanej lub dzielonej zostały objęte w zamian za wkład niepieniężny;
- art. 23 ust. 1 pkt 38 – jeżeli udziały (akcje) w spółce przejmowanej lub dzielonej zostały nabyte albo objęte za wkład pieniężny;
- wysokości wydatków na nabycie lub objęcie udziałów (akcji) spółki dzielonej, ustalonych zgodnie z pkt 1 lub 2, w takiej proporcji, w jakiej pozostaje u tego wspólnika wartość wydzielanej części majątku spółki dzielonej do wartości majątku spółki dzielonej bezpośrednio przed podziałem; pozostała część kwoty tych wydatków stanowi koszt uzyskania przychodów z odpłatnego zbycia udziałów (akcji) spółek podzielonych przez wydzielenie.
Przepis ust. 8 ma zastosowanie wyłącznie, w przypadku, gdy:
- spółka przejmująca majątek i spółka, której majątek jest przejmowany, są podatnikami, o których mowa w art. 3 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych;
- spółka przejmująca majątek jest podatnikiem, o którym mowa w art. 3 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, a spółka, której majątek jest przejmowany, podlega opodatkowaniu w innym niż Rzeczpospolita Polska państwie członkowskim Unii Europejskiej lub innym państwie należącym do Europejskiego Obszaru Gospodarczego od całości swoich dochodów, bez względu na miejsce ich osiągania;
- spółka przejmująca majątek jest podatnikiem, o którym mowa w art. 3 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, podlegającym opodatkowaniu w państwie członkowskim Unii Europejskiej lub innym państwie należącym do Europejskiego Obszaru Gospodarczego od całości swoich dochodów, bez względu na miejsce ich osiągania, a spółka, której majątek jest przejmowany, jest podatnikiem, o którym mowa w art. 3 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.
Przepisu ust. 8 nie stosuje się, jeżeli:
- udziały (akcje) wspólnika w spółce przejmowanej lub dzielonej zostały nabyte lub objęte w wyniku wymiany udziałów albo przydzielone w wyniku innego łączenia lub podziału podmiotów lub
- przyjęta przez tego wspólnika dla celów podatkowych wartość udziałów (akcji) przydzielonych przez spółkę przejmującą lub nowo zawiązaną jest wyższa niż wartość udziałów (akcji) w spółce przejmowanej lub dzielonej, jaka byłaby przyjęta przez tego wspólnika dla celów podatkowych, gdyby nie doszło do łączenia lub podziału.
Dla osoby fizycznej najważniejsza praktyczna konsekwencja jest następująca: prawidłowo przeprowadzone połączenie może odroczyć PIT do momentu późniejszej sprzedaży udziałów. Wspólnik powinien jednak posiadać dokumenty potwierdzające, kiedy i za jaką wartość objął albo nabył udziały w spółce przejmowanej.
Dyrektor KIS potwierdził ten mechanizm w interpretacji z dnia 8 września 2026 r. (nr 0114-KDIP3-1.4011.704.2026.2.BS), dotyczącej połączenia spółek przez przejęcie.
Połączenie spółek będzie neutralne podatkowo na moment dokonania owego połączenia.
Także w PIT trzeba pamiętać o celu gospodarczym połączenia. Zgodnie z art. 24 ust. 19 i 20 ustawy o PIT:
19. Przepisów ust. 8 i 8a oraz art. 21 ust. 1 pkt 109 nie stosuje się w przypadkach, gdy głównym lub jednym z głównych celów połączenia spółek, podziału spółek, wymiany udziałów lub wniesienia wkładu niepieniężnego jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania.
20. Jeżeli połączenie spółek, podział spółek, wymiana udziałów lub wniesienie wkładu niepieniężnego nie zostały przeprowadzone z uzasadnionych przyczyn ekonomicznych, dla celów ust. 19 domniemywa się, że głównym lub jednym z głównych celów tych czynności jest uniknięcie lub uchylenie się od opodatkowania.
Straty podatkowe przy połączeniu spółek
Straty podatkowe są jednym z najbardziej wrażliwych obszarów połączenia. Sukcesja podatkowa nie powoduje automatycznego przejęcia prawa do rozliczenia strat spółki przejmowanej. Ustawa o CIT zawiera wprost ograniczenia dotyczące strat przedsiębiorców łączonych i przejmowanych.
3. Przy ustalaniu dochodu, o którym mowa w ust. 1, stanowiącego podstawę opodatkowania nie uwzględnia się:
4) strat przedsiębiorców przekształcanych, łączonych, przejmowanych lub dzielonych – w razie przekształcenia formy prawnej, łączenia lub podziału przedsiębiorców, z wyjątkiem przekształcenia spółki w inną spółkę;
7) strat podatnika, jeżeli podatnik przejął inny podmiot lub nabył przedsiębiorstwo lub zorganizowaną część przedsiębiorstwa, w tym w drodze wkładu niepieniężnego, lub otrzymał wkład pieniężny, za który nabył przedsiębiorstwo lub zorganizowaną część przedsiębiorstwa, w wyniku czego:
- przedmiot faktycznie prowadzonej przez podatnika podstawowej działalności gospodarczej po takim przejęciu lub nabyciu, w całości albo w części jest inny niż przedmiot faktycznie prowadzonej przez podatnika podstawowej działalności przed takim przejęciem lub nabyciem, lub
- co najmniej 25% udziałów (akcji) podatnika posiada podmiot lub podmioty, które na dzień kończący rok podatkowy, w którym podatnik poniósł taką stratę, praw takich nie posiadały.
4. Przy ustalaniu straty nie uwzględnia się przychodów i kosztów uzyskania przychodów, o których mowa w ust. 3, a w razie przekształcenia formy prawnej, łączenia lub podziału przedsiębiorców, także straty przedsiębiorców przekształcanych, łączonych lub dzielonych, z wyjątkiem spółek przekształconych w inne spółki.
4b. Przy ustalaniu straty nie uwzględnia się strat, o których mowa w ust. 3 pkt 7.
W praktyce trzeba oddzielić dwie kwestie. Pierwsza dotyczy strat historycznych spółki przejmowanej. Co do zasady spółka przejmująca nie wykorzysta ich po połączeniu. Druga dotyczy własnych strat spółki przejmującej. Te straty również mogą być zagrożone, jeżeli po przejęciu zmienia się podstawowa działalność albo struktura właścicielska spełnia przesłankę 25%.
Problem strat oraz wyniku podatkowego roku połączenia pojawił się w interpretacji Dyrektora KIS z dnia 19 sierpnia 2026 r. (nr 0111-KDIB1-1.4010.356.2026.2.AND). Organ uznał za prawidłowe stanowisko podatnika dotyczące rozliczeń w roku połączenia.
W sprawach, z którymi spotykam się w praktyce, przed połączeniem szczegółowo analizuję datę połączenia, zamknięcie ksiąg rachunkowych, wynik bieżącego roku oraz możliwość dalszego rozliczenia strat własnych spółki przejmującej. To często bardziej istotne finansowo niż sam brak przychodu z tytułu przejęcia majątku.
Środki trwałe, wartości niematerialne i amortyzacja
Połączenie co do zasady opiera się na kontynuacji wartości podatkowych składników majątku. Dotyczy to zwłaszcza środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Spółka przejmująca powinna kontynuować wartość początkową, dotychczasowe odpisy i metodę amortyzacji.
W razie przekształcenia formy prawnej, podziału albo połączenia podmiotów, z zastrzeżeniem ust. 19, dokonywanych na podstawie odrębnych przepisów – wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych ustala się w wysokości wartości początkowej określonej w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, o której mowa w art. 9 ust. 1, podmiotu przekształcanego, połączonego albo podzielonego. Zasadę tę stosuje się odpowiednio do spółek niebędących osobami prawnymi, w tym również powstałych z przekształcenia spółki.
Podmioty, o których mowa w art. 16g ust. 9, powstałe z przekształcenia, podziału, z zastrzeżeniem ust. 5, albo połączenia podmiotów oraz podmioty, które przejęły całość lub część innego podmiotu na skutek tych zdarzeń, dokonują odpisów amortyzacyjnych z uwzględnieniem dotychczasowej wysokości odpisów oraz kontynuują metodę amortyzacji przyjętą przez podmiot przekształcony, podzielony, połączony, z uwzględnieniem art. 16i ust. 2-7.
Dla spółki przejmującej oznacza to konieczność przejęcia ewidencji środków trwałych w sposób pozwalający na dalszą amortyzację według zasad stosowanych wcześniej przez spółkę przejmowaną. Próba podwyższenia wartości podatkowej majątku tylko dlatego, że połączenie wymagało wyceny rynkowej, co do zasady nie odpowiada mechanizmowi kontynuacji przewidzianemu w CIT.
VAT przy połączeniu spółek
Połączenie przez przejęcie prowadzi do przeniesienia całego majątku spółki przejmowanej. W typowym przypadku nie jest to zwykła dostawa poszczególnych składników majątku. Na gruncie VAT zasadnicze znaczenie ma art. 6 pkt 1 ustawy o VAT.
Przepisów ustawy nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zorganizowanej części przedsiębiorstwa.
Jeżeli połączenie obejmuje przeniesienie przedsiębiorstwa spółki przejmowanej, czynność pozostaje poza zakresem VAT. Dla spółki przejmującej istotne mogą być natomiast rozliczenia kontynuowane po przejęciu, w tym korekty podatku naliczonego, faktury korygujące, rozliczenia zaliczek i obowiązki wynikające z sukcesji podatkowej.
W praktyce organów podatkowych takie podejście potwierdza interpretacja Dyrektora KIS z dnia 8 kwietnia 2025 r. (nr 0114-KDIP4-3.4012.69.2025.2.DS).
Połączenie spółek (…) nie będzie podlegało opodatkowaniu VAT.
PCC przy połączeniu spółek z o.o.
Połączenie spółek kapitałowych jest również wyłączone z PCC. Ma to znaczenie zwłaszcza wtedy, gdy w związku z połączeniem dochodzi do podwyższenia kapitału zakładowego spółki przejmującej.
Nie podlegają podatkowi umowy spółki i ich zmiany związane z łączeniem spółek kapitałowych.
Dyrektor KIS odniósł się do tego w interpretacji z dnia 2 stycznia 2026 r. (nr 0111-KDIB2-2.4014.377.2025.1.DR), dotyczącej połączenia spółek kapitałowych.
Umowy spółki i ich zmiany związane z łączeniem spółek kapitałowych nie podlegają PCC.
Gdy połączenie następuje bez podwyższenia kapitału zakładowego, dodatkowo istotna może być interpretacja Dyrektora KIS z dnia 17 lutego 2026 r. (nr 0111-KDIB2-2.4014.426.2025.3.MM).
Czynność połączenia Spółek nie jest objęta zakresem ustawy o PCC.
Konfuzja wierzytelności i zobowiązań po połączeniu
W połączeniach wewnątrzgrupowych często występują wzajemne pożyczki, należności handlowe, zobowiązania licencyjne albo rozrachunki z tytułu usług. Po połączeniu ten sam podmiot może stać się jednocześnie wierzycielem i dłużnikiem. Dochodzi wtedy do konfuzji, czyli wygaśnięcia zobowiązania z mocy połączenia wierzyciela i dłużnika w jednej osobie.
Podatkowo trzeba zbadać, czy wygaśnięcie zobowiązania generuje przychód albo koszt. W klasycznym modelu konfuzja wynikająca z połączenia różni się od umorzenia zobowiązania, ponieważ nie dochodzi do zwolnienia z długu na podstawie odrębnej czynności prawnej. Każdy przypadek wymaga jednak analizy konkretnych rozrachunków, odsetek, pożyczek i wcześniejszego ujęcia podatkowego.
Aktualnym przykładem praktyki interpretacyjnej jest interpretacja Dyrektora KIS z dnia 15 września 2026 r. (nr 0111-KDIB2-1.4010.409.2026.2.AJ), dotycząca skutków podatkowych konfuzji po połączeniu spółek.
Organ uznał stanowisko podatnika za prawidłowe w zakresie skutków konfuzji.
Elementy wymagające sprawdzenia przed połączeniem
Przed połączeniem warto przygotować analizę obejmującą zarówno przepisy korporacyjne, jak i podatkowe. W mojej praktyce zaczynam zwykle od ustalenia celu gospodarczego, struktury właścicielskiej oraz historii udziałów. Dopiero później przechodzę do kalkulacji przychodów, kosztów, strat i skutków dla wspólników.
| Obszar | Znaczenie podatkowe |
|---|---|
| Historia udziałów wspólników | Wpływa na możliwość zastosowania neutralności w CIT i PIT. Szczególne znaczenie mają wcześniejsze wymiany udziałów, połączenia i podziały. |
| Wartości podatkowe majątku | Decydują o zastosowaniu art. 12 ust. 4 pkt 3e ustawy o CIT oraz o kontynuacji amortyzacji. |
| Uzasadnienie ekonomiczne | Ogranicza ryzyko zastosowania art. 12 ust. 13 i 14 ustawy o CIT oraz art. 24 ust. 19 i 20 ustawy o PIT. |
| Straty podatkowe | Wymagają osobnej analizy po stronie spółki przejmowanej i spółki przejmującej. |
| Rozrachunki wewnątrzgrupowe | Mogą prowadzić do konfuzji wierzytelności i zobowiązań po dniu połączenia. |
| VAT i PCC | Zazwyczaj połączenie jest poza VAT i bez PCC, ale rozliczenia następcze wymagają uporządkowania. |
Jeżeli połączenie ma dotyczyć spółki na estońskim CIT, podmiotu zagranicznego, fundacji rodzinnej albo spółki posiadającej istotne nieruchomości, analiza powinna objąć dodatkowe przepisy. W takich przypadkach standardowy model neutralności połączenia spółek z o.o. może być tylko punktem wyjścia.
Podsumowanie
Połączenie spółek z o.o. może być neutralne podatkowo dla spółek i wspólników, jeżeli zostaną spełnione warunki przewidziane w CIT i PIT. Najważniejsze są: kontynuacja wartości podatkowych, właściwe ujęcie udziałów przydzielonych wspólnikom, brak wcześniejszych reorganizacji wyłączających neutralność oraz rzeczywiste uzasadnienie ekonomiczne.
Z praktycznego punktu widzenia połączenie warto przygotować tak, aby dokumentacja korporacyjna, księgowa i podatkowa tworzyły spójny obraz. Plan połączenia powinien odpowiadać temu, co później zostanie ujęte w księgach, ewidencjach podatkowych i rozliczeniach wspólników. Tylko wtedy neutralność podatkowa ma realną wartość ochronną.
Potrzebujesz indywidualnej analizy podatkowej?
Opisz krótko swoją sytuację i zakres zagadnień, które chcesz przeanalizować.
Artur Chamot – licencjonowany doradca podatkowy (nr wpisu 13805) i radca prawny (nr wpisu GD/GD/2830). Z ponad 13-letnim doświadczeniem, specjalizuje się we wspieraniu przedsiębiorców i osób fizycznych w kluczowych obszarach podatków (CIT, PIT, VAT) i prawa gospodarczego. Praktyczne doświadczenie zdobywał, prowadząc złożone projekty, w tym badania due diligence w procesach M&A oraz prowadząc bieżące doradztwo podatkowe dla osób fizycznych i prawnych.
