Kontrola celno-skarbowa a kontrola podatkowa – różnice i uprawnienia KAS
Kontrola podatkowa i kontrola celno-skarbowa często są wrzucane do jednego worka jako „kontrola z urzędu skarbowego”. W praktyce mojej Kancelarii właśnie takie uproszczenie jest jednym z najczęstszych źródeł błędów po stronie podatników. Obie procedury dotyczą sprawdzania rozliczeń, ale są prowadzone na podstawie innych ustaw, przez inne organy, według innej logiki i z innymi skutkami po zakończeniu czynności.
Największa praktyczna różnica polega na tym, że klasyczna kontrola podatkowa jest procedurą uregulowaną w Ordynacji podatkowej i zasadniczo rozpoczyna się po wcześniejszym zawiadomieniu. Kontrola celno-skarbowa jest natomiast instrumentem Krajowej Administracji Skarbowej, w którym ustawodawca przewidział dalej idące uprawnienia organu, możliwość szybkiego wejścia w sprawę oraz szczególny mechanizm przejścia do postępowania podatkowego po wyniku kontroli.
Z mojego doświadczenia wynika, że przy kontroli celno-skarbowej podatnik powinien od pierwszego dnia pracować tak, jakby sprawa mogła przejść do etapu decyzji podatkowej. Znaczenie ma nie tylko to, jakie dokumenty zostaną przekazane organowi, ale również to, czy podatnik wykorzysta termin na złożenie deklaracji albo korekty, jak odniesie się do wyniku kontroli i czy właściwie zabezpieczy pełnomocnictwo.
Najważniejsze różnice w praktyce
Punktem wyjścia powinno być ustalenie, z jakim trybem podatnik ma do czynienia. Nazwa organu, treść upoważnienia, pouczenia o korekcie i dokument kończący czynności bardzo szybko pokazują, czy sprawa toczy się w trybie Ordynacji podatkowej, czy w trybie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej.
| Element | Kontrola podatkowa | Kontrola celno-skarbowa |
|---|---|---|
| Podstawa prawna | Ordynacja podatkowa, przede wszystkim dział VI. | Ustawa o Krajowej Administracji Skarbowej, przede wszystkim dział V rozdział 1. |
| Organ | Organ podatkowy pierwszej instancji. | Naczelnik urzędu celno-skarbowego, który może wykonywać kontrolę na całym terytorium Polski. |
| Zawiadomienie | Zasadą jest zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli, z ustawowymi wyjątkami. | Brak klasycznego, siedmiodniowego etapu oczekiwania po zawiadomieniu. Kontrola jest wszczynana na podstawie upoważnienia, a w pilnych sytuacjach na podstawie legitymacji służbowej. |
| Korekta | Prawo do korekty ulega zawieszeniu na czas trwania kontroli w zakresie nią objętym. | Podatnik ma szczególne, czternastodniowe okna na złożenie deklaracji albo korekty: po doręczeniu upoważnienia i po doręczeniu wyniku kontroli. |
| Uprawnienia organu | Katalog z art. 286 Ordynacji podatkowej, obejmujący między innymi wstęp, żądanie dokumentów, oględziny, przesłuchania i zabezpieczenie dowodów. | Szerszy katalog z art. 64 ustawy o KAS, obejmujący między innymi pobieranie danych elektronicznych, przeszukiwanie lokali i rzeczy, filmowanie, fotografowanie, pobieranie próbek i nakładanie zamknięć urzędowych. |
| Zakończenie | Protokół kontroli i 14 dni na zastrzeżenia lub wyjaśnienia. | W sprawach podatkowych zasadniczo wynik kontroli, po którym może nastąpić korekta albo przekształcenie w postępowanie podatkowe. |
| Ograniczenia z Prawa przedsiębiorców | Do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą stosuje się rozdział 5 Prawa przedsiębiorców. | Do kontroli celno-skarbowej rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców się nie stosuje. |
Kontrola podatkowa – cel, organ i podstawowa logika
Kontrola podatkowa jest klasyczną procedurą sprawdzającą wykonywanie obowiązków podatkowych. Jej celem jest ustalenie, czy podatnik, płatnik, inkasent albo następca prawny prawidłowo wywiązuje się z obowiązków wynikających z prawa podatkowego.
Zgodnie z art. 281 § 1 i 2 Ordynacji podatkowej:
„Art. 281. § 1. Organy podatkowe pierwszej instancji przeprowadzają kontrolę podatkową u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych, zwanych dalej „kontrolowanymi”. § 2. Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego”.
Z kolei art. 282 Ordynacji podatkowej stanowi:
„Art. 282. Kontrolę podatkową podejmuje się z urzędu”.
W praktyce oznacza to, że kontrola podatkowa jest uruchamiana przez organ podatkowy, a nie na wniosek podatnika. Podatnik powinien od razu sprawdzić zakres kontroli, okres objęty czynnościami, dane kontrolujących i treść upoważnienia. To te elementy wyznaczają granice działań organu.
Kontrola celno-skarbowa – szerszy instrument KAS
Kontrola celno-skarbowa została uregulowana w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej. Jej zakres jest szerszy niż typowa kontrola podatkowa, ponieważ obejmuje nie tylko przestrzeganie prawa podatkowego, ale również między innymi prawo celne, gry hazardowe, prawo dewizowe i inne obszary wskazane w ustawie.
Dla spraw podatkowych najważniejszy jest art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS. Przepis ten stanowi:
„Art. 54. 1. Kontroli celno-skarbowej podlega przestrzeganie przepisów: 1) prawa podatkowego w rozumieniu art. 3 pkt 2 Ordynacji podatkowej”.
Podmiot podlegający kontroli został określony w art. 57 ustawy o KAS:
„Art. 57. Kontroli celno-skarbowej podlegają podmioty obowiązane do przestrzegania przepisów prawa w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 i 2, zwane dalej „kontrolowanymi””.
Bardzo istotna jest również właściwość terytorialna naczelnika urzędu celno-skarbowego. Zgodnie z art. 61 ustawy o KAS:
„Art. 61. Naczelnik urzędu celno-skarbowego może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej”.
Dla podatnika oznacza to, że kontrola celno-skarbowa może zostać prowadzona przez urząd celno-skarbowy spoza miejscowości, w której podatnik ma siedzibę albo miejsce zamieszkania. W sprawach, z którymi spotykam się w praktyce, ten element bywa zaskoczeniem, szczególnie gdy przedsiębiorca kojarzy swoje rozliczenia wyłącznie z właściwym miejscowo urzędem skarbowym.
Odrębność obu procedur dobrze pokazuje wyrok WSA w Bydgoszczy z 25 lutego 2026 r., I SA/Bd 504/25, w którym sąd wskazał:
„kontrola podatkowa i kontrola celno – skarbowa to odmienne instytucje prawne, które są prowadzone na podstawie odrębnych regulacji prawnych”.
Zawiadomienie o kontroli podatkowej
W kontroli podatkowej zasadą jest wcześniejsze zawiadomienie kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli. Ma ono znaczenie praktyczne, ponieważ daje podatnikowi czas na uporządkowanie dokumentów, kontakt z księgowym, ocenę ryzyk i ewentualne skorygowanie deklaracji jeszcze przed rozpoczęciem kontroli.
Zgodnie z art. 282b Ordynacji podatkowej:
„Art. 282b. § 1. Organy podatkowe zawiadamiają kontrolowanego o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, z zastrzeżeniem art. 282c. § 2. Kontrolę wszczyna się niewcześniej niż po upływie 7 dni i niepóźniej niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli. Jeżeli kontrola nie zostanie wszczęta w terminie 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, wszczęcie kontroli wymaga ponownego zawiadomienia. § 3. Wszczęcie kontroli przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia wymaga zgody lub wniosku kontrolowanego. W razie wyrażenia zgody lub złożenia wniosku ustnie kontrolujący sporządza adnotację. § 4. Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej zawiera: 1) oznaczenie organu; 2) datę i miejsce wystawienia; 3) oznaczenie kontrolowanego; 4) wskazanie zakresu kontroli; 4a) wstępną listę dokumentów i informacji związanych z zakresem przedmiotowym kontroli, których udostępnienia oczekuje organ podatkowy w trakcie kontroli; 4b) w przypadku kontroli planowej – informację o kategorii ryzyka, o której mowa w art. 47 ust. 1 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców; 5) pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji; 6) podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia. § 5. Minister właściwy do spraw finansów publicznych określi, w drodze rozporządzenia, wzór zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, uwzględniając elementy zawiadomienia określone w § 4 oraz możliwość wyrażenia zgody na wszczęcie kontroli lub złożenia wniosku o wszczęcie kontroli przed upływem 7 dni od dnia doręczenia zawiadomienia”.
Mówiąc prościej, w typowej kontroli podatkowej podatnik otrzymuje sygnał uprzedzający. W praktyce warto wykorzystać ten czas na sprawdzenie deklaracji, JPK, ewidencji, faktur, umów i korespondencji dotyczącej okresu wskazanego w zawiadomieniu.
Kiedy kontrola podatkowa może ruszyć bez zawiadomienia
Ordynacja podatkowa przewiduje katalog sytuacji, w których organ może pominąć wcześniejsze zawiadomienie. Najczęściej praktyczne znaczenie mają sprawy dotyczące zwrotu VAT, kontroli doraźnych kasy fiskalnej, niezgłoszonej działalności gospodarczej, spraw uruchamianych na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze oraz sytuacje, w których doręczenie pism jest utrudnione.
Zgodnie z art. 282c Ordynacji podatkowej:
„Art. 282c. § 1. Nie zawiadamia się o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, jeżeli: 1) kontrola: a) dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług, b) ma być wszczęta na żądanie organu prowadzącego postępowanie przygotowawcze o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe, c) dotyczy opodatkowania przychodów nieznajdujących pokrycia w ujawnionych źródłach lub pochodzących ze źródeł nieujawnionych, d) dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej, e) ma być podjęta w oparciu o informacje uzyskane na podstawie przepisów o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy oraz finansowaniu terroryzmu, f) zostaje wszczęta w trybie, o którym mowa w art. 284a § 1, g) ma charakter doraźny dotyczący ewidencjonowania obrotu za pomocą kasy rejestrującej, użytkowania kasy rejestrującej lub sporządzania spisu z natury, h) dotyczy podatku od wydobycia niektórych kopalin, i) ma charakter doraźny dotyczący sprawdzenia zachowania warunków zawieszenia działalności gospodarczej, j) dotyczy zasadności zwrotu podatku w rozumieniu przepisów rozdziału 7b ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz rozdziału 6a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych; 2) organ podatkowy posiada informacje, z których wynika, że kontrolowany: a) został prawomocnie skazany w Rzeczypospolitej Polskiej za popełnienie przestępstwa skarbowego, przestępstwa przeciwko obrotowi gospodarczemu, przestępstwa z ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości lub wykroczenia polegającego na utrudnianiu kontroli; w przypadku osoby prawnej ten warunek odnosi się do każdego członka zarządu lub osoby zarządzającej, a w przypadku spółek niemających osobowości prawnej – do każdego wspólnika, b) jest zobowiązanym w postępowaniu egzekucyjnym w administracji, c) nie ma miejsca zamieszkania lub adresu siedziby albo doręczanie pism na podane adresy było bezskuteczne lub utrudnione. § 2. Przepis § 1 pkt 1 stosuje się również w razie konieczności rozszerzenia zakresu kontroli na inne okresy rozliczeniowe, z uwagi na nieprawidłowości stwierdzone w wyniku dokonanych już czynności kontrolnych. § 3. Po wszczęciu kontroli informuje się kontrolowanego o przyczynie braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli”.
Dodatkowo art. 284a Ordynacji podatkowej pozwala wszcząć kontrolę po okazaniu legitymacji służbowej, gdy czynności są potrzebne do przeciwdziałania przestępstwu skarbowemu albo wykroczeniu skarbowemu lub do zabezpieczenia dowodów.
„Art. 284a. § 1. Kontrola podatkowa może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej kontrolowanemu, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia. § 2. W przypadkach, o których mowa w § 1 i 1a, należy bez zbędnej zwłoki, jednak niepóźniej niż w terminie 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli, doręczyć upoważnienie do przeprowadzenia kontroli. § 3. Dokumenty z czynności kontrolnych dokonanych z naruszeniem obowiązku, o którym mowa w § 2, nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym”.
Wszczęcie kontroli celno-skarbowej
W kontroli celno-skarbowej konstrukcja wygląda inaczej. Ustawa o KAS przewiduje wszczęcie z urzędu na podstawie upoważnienia, a w sytuacjach wymagających niezwłocznej reakcji – na podstawie legitymacji służbowej. W praktyce oznacza to, że podatnik może dowiedzieć się o kontroli dopiero w chwili doręczenia upoważnienia albo okazania legitymacji.
Zgodnie z art. 62 ust. 1-4a ustawy o KAS:
„Art. 62. 1. Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z urzędu, na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej udzielonego kontrolującemu. 2. Datą wszczęcia kontroli celno-skarbowej jest dzień doręczenia kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. 2a. Jeżeli kontrolowanym jest osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej, upoważnienie, o którym mowa w ust. 1, doręcza się członkowi zarządu, wspólnikowi albo innej osobie upoważnionej do reprezentowania kontrolowanego lub prowadzenia jego spraw, albo osobie upoważnionej do odbioru korespondencji. 2b. Jeżeli kontrolowanym jest zakład podmiotu zagranicznego, upoważnienie, o którym mowa w ust. 1, doręcza się osobie faktycznie kierującej, nadzorującej lub reprezentującej działalność prowadzoną na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. 3. W przypadku podejrzenia, że nie są przestrzegane przepisy oraz okoliczności faktyczne uzasadniają niezwłoczne przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej, jest ona wszczynana na podstawie okazywanej legitymacji służbowej. 3a. W razie nieobecności kontrolowanego, reprezentanta kontrolowanego lub osoby upoważnionej do odbioru korespondencji kontrola celno-skarbowa może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej pracownikowi kontrolowanego, który może być uznany za osobę, o której mowa w art. 97 Kodeksu cywilnego, lub w obecności przywołanego świadka, którym powinien być funkcjonariusz publiczny, który nie jest pracownikiem izby administracji skarbowej albo funkcjonariuszem. 3b. W przypadkach, o których mowa w ust. 3 i 3a, upoważnienie do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej doręcza się kontrolowanemu bez zbędnej zwłoki. 4. W zakresie kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji lub korekty deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych. 4a. Naczelnik urzędu skarbowego właściwy dla kontrolowanego niezwłocznie informuje naczelnika urzędu celno-skarbowego prowadzącego kontrolę celno-skarbową o złożonej deklaracji lub korekcie deklaracji”.
W mojej ocenie właśnie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS jest jednym z najważniejszych przepisów praktycznych w całej procedurze. Podatnik ma 14 dni od doręczenia upoważnienia na złożenie deklaracji albo korekty deklaracji w zakresie objętym kontrolą. Po upływie tego terminu korekta złożona przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej pozostaje bez skutków prawnych.
Uprawnienia w kontroli podatkowej
Kontrola podatkowa daje organowi szerokie narzędzia dowodowe. Organ może wejść do określonych miejsc, żądać dokumentów, przeprowadzać oględziny, przesłuchiwać osoby i zabezpieczać dowody. Zakres tych czynności powinien pozostawać związany z zakresem kontroli wskazanym w upoważnieniu.
Zgodnie z art. 286 § 1 Ordynacji podatkowej:
„Art. 286. § 1. Kontrolujący, w zakresie wynikającym z upoważnienia, są w szczególności uprawnieni do: 1) wstępu na grunt oraz do budynków, lokali lub innych pomieszczeń kontrolowanego; 2) wstępu do lokali mieszkalnych w przypadku, o którym mowa w art. 276 § 1; 3) żądania okazania majątku podlegającego kontroli oraz do dokonania jego oględzin; 4) żądania udostępniania akt, ksiąg i wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z przedmiotem kontroli oraz do sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów, notatek, wydruków i udokumentowanego pobierania danych w formie elektronicznej; 4a) zbierania innych niezbędnych materiałów w zakresie objętym kontrolą; 5) zabezpieczania zebranych dowodów; 5a) żądania przeprowadzenia spisu z natury; 6) legitymowania osób w celu ustalenia ich tożsamości, jeżeli jest to niezbędne dla potrzeb kontroli; 7) przesłuchiwania świadków, kontrolowanego oraz osób wymienionych w art. 287 § 4; 8) zasięgania opinii biegłych”.
Z praktycznego punktu widzenia podatnik powinien stale wiązać żądania organu z przedmiotem kontroli. Jeżeli kontrola dotyczy konkretnego podatku i konkretnego okresu, dokumenty, pytania i wyjaśnienia powinny być porządkowane właśnie według tych granic.
Uprawnienia KAS w kontroli celno-skarbowej
Katalog uprawnień w kontroli celno-skarbowej jest bardziej rozbudowany. Wynika to z charakteru tej procedury, która poza sprawami podatkowymi obejmuje również obszary celne, akcyzowe, hazardowe, dewizowe i sankcyjne. W sprawach podatkowych szczególne znaczenie mają żądania przekazania ksiąg i dowodów księgowych w formie elektronicznej, możliwość przeszukiwania, zabezpieczania dowodów oraz dokumentowania czynności za pomocą zdjęć, filmów i nagrań.
Zgodnie z art. 64 ust. 1 ustawy o KAS:
„Art. 64. 1. W ramach kontroli celno-skarbowej przysługuje uprawnienie do: 1) żądania udostępniania akt, ewidencji, ksiąg i wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z przedmiotem kontroli celno-skarbowej oraz do sporządzania z nich odpisów, kopii, wyciągów, notatek, wydruków i udokumentowanego pobierania danych w postaci elektronicznej oraz do żądania przekazania w postaci elektronicznej całości lub części ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych za pomocą środków komunikacji elektronicznej lub na informatycznych nośnikach danych w przypadku prowadzenia ksiąg podatkowych przy użyciu programów komputerowych; 2) wstępu, przebywania i poruszania się na gruncie oraz w budynku, lokalu lub innym pomieszczeniu kontrolowanego; 3) dokonywania oględzin; 4) legitymowania lub ustalania w inny sposób tożsamości osób, jeżeli jest to niezbędne na potrzeby kontroli; 5) przesłuchiwania kontrolowanego lub świadków; 6) przeszukiwania lokali, w tym lokali mieszkalnych, innych pomieszczeń i miejsc oraz rzeczy, w tym z użyciem urządzeń technicznych i psów służbowych; 7) zasięgania opinii biegłych; 8) zabezpieczania zebranych dowodów; 9) żądania przeprowadzenia spisu z natury; 10) sporządzania szkiców, kopiowania, filmowania, fotografowania oraz dokonywania nagrań dźwiękowych; 11) zbierania innych niezbędnych materiałów w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową; 12) badania towarów, surowców, półproduktów i wyrobów, w tym pobrania próbek towarów, surowców, półproduktów i wyrobów gotowych, w celu ich zbadania; 13) żądania powtórzenia, jeżeli to możliwe, każdej czynności, w wyniku której uzyskuje się dane o przyjmowanych, wydawanych lub wprowadzanych do procesu produkcyjnego surowcach, materiałach, produkcji w toku i półproduktach oraz uzyskanych produktach, wyrobach gotowych i wysokości strat produkcyjnych; 14) przeprowadzania w uzasadnionych przypadkach, w drodze eksperymentu, doświadczenia lub odtworzenia możliwości gry na automacie lub gry na innym urządzeniu; 15) żądania zamknięcia dokumentacji dotyczącej towarów i czynności podlegających kontroli celno-skarbowej w celu umożliwienia porównania stanu rzeczywistego ze stanem ewidencyjnym; 16) uczestniczenia w podlegających kontroli celno-skarbowej czynnościach w zakresie produkcji, przemieszczania i zużycia wyrobów akcyzowych, w szczególności ich wytwarzania, uszlachetniania, przerabiania, skażania, rozlewu, przyjmowania, magazynowania, wydawania, przewozu i niszczenia, oraz w zakresie stosowania i oznaczania tych wyrobów znakami akcyzy; 17) żądania złożenia wyjaśnień dotyczących przedmiotu kontroli celno-skarbowej; 18) nakładania zamknięć urzędowych na urządzenia, pomieszczenia, naczynia oraz środki przewozowe”.
W praktyce oznacza to, że reakcja podatnika na kontrolę celno-skarbową powinna być szybka i uporządkowana. Trzeba ustalić osobę kontaktową, przygotować rejestr przekazywanych dokumentów, zachować kopie pism i nośników danych oraz pilnować, aby wyjaśnienia były spójne z księgami, deklaracjami, JPK, umowami i rzeczywistym przebiegiem zdarzeń.
Prawo przedsiębiorców a oba tryby kontroli
Przy kontroli przedsiębiorców istotne znaczenie ma relacja do rozdziału 5 Prawa przedsiębiorców, który reguluje ograniczenia kontroli działalności gospodarczej. W przypadku kontroli podatkowej Ordynacja podatkowa odsyła do tych regulacji.
Zgodnie z art. 291c Ordynacji podatkowej:
„Art. 291c. Do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą stosuje się przepisy rozdziału 5 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców”.
W kontroli celno-skarbowej ustawodawca przyjął odmienne rozwiązanie. Zgodnie z art. 93 ustawy o KAS:
„Art. 93. Do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się przepisów rozdziału 5 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców”.
Dla przedsiębiorcy oznacza to konieczność rozróżnienia obu trybów już na początku sprawy. Argumenty oparte na ograniczeniach kontroli działalności gospodarczej mają inną wagę w kontroli podatkowej, a inną w kontroli celno-skarbowej. W praktyce doradczej szczególnie pilnuję tego przy pismach procesowych, ponieważ przeniesienie argumentacji z jednego trybu do drugiego może osłabić zasadniczą linię obrony.
Czas trwania kontroli
W kontroli podatkowej termin zakończenia czynności wynika z upoważnienia. Organ powinien zakończyć kontrolę bez zbędnej zwłoki, a dokumenty z czynności wykonanych po terminie mogą utracić wartość dowodową, jeżeli organ nie wskazał nowego terminu.
Zgodnie z art. 284b Ordynacji podatkowej:
„Art. 284b. § 1. Kontrola powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak niepóźniej niż w terminie wskazanym w upoważnieniu, o którym mowa w art. 283. § 2. O każdym przypadku niezakończenia kontroli w terminie wskazanym w upoważnieniu, o którym mowa w art. 283, kontrolujący obowiązany jest zawiadomić na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli i wskazując nowy termin jej zakończenia. § 3. Dokumenty dotyczące czynności kontrolnych dokonanych po upływie tego terminu nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym, chyba że został wskazany nowy termin zakończenia kontroli”.
W kontroli celno-skarbowej ustawowy punkt odniesienia jest inny. Zasadą jest zakończenie kontroli w terminie 3 miesięcy od jej wszczęcia, z możliwością przedłużenia po zawiadomieniu kontrolowanego.
Zgodnie z art. 63 ustawy o KAS:
„Art. 63. 1. Kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. 2. O każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia. 3. Przepis ust. 1 nie ma zastosowania w przypadku, gdy kontrola celno-skarbowa jest wykonywana na podstawie bezpośrednio stosowanych przepisów prawa Unii Europejskiej albo na podstawie ratyfikowanej umowy międzynarodowej. 4. Dokumenty zgromadzone po upływie terminów, o których mowa w ust. 1 i 2, z wyłączeniem dokumentów, o których udostępnienie wystąpiono przed upływem tych terminów, nie stanowią dowodu w kontroli celno-skarbowej, postępowaniu podatkowym, postępowaniu celnym lub postępowaniu karnym skarbowym, chyba że został wskazany nowy termin zakończenia kontroli”.
W praktyce warto prowadzić własną oś czasu sprawy. Powinna obejmować datę doręczenia upoważnienia, daty wezwań, daty odpowiedzi, termin na korektę po wszczęciu, termin zakończenia kontroli oraz termin na reakcję po wyniku albo protokole.
Korekta deklaracji w kontroli podatkowej i celno-skarbowej
Korekta deklaracji jest jednym z najważniejszych praktycznych punktów różniących obie procedury. W kontroli podatkowej znaczenie ma zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli oraz ogólna reguła z art. 81b Ordynacji podatkowej. W kontroli celno-skarbowej ustawodawca przewidział własne, czternastodniowe mechanizmy korekty.
Punktem wyjścia jest art. 81 § 1 i 2 Ordynacji podatkowej:
„Art. 81. § 1. Jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. § 2. Skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji”.
Następnie trzeba uwzględnić art. 81b § 1 i 2 Ordynacji podatkowej:
„Art. 81b. § 1. Uprawnienie do skorygowania deklaracji: 1) ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej – w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą; 2) przysługuje nadal po zakończeniu: a) kontroli podatkowej, b) postępowania podatkowego – w zakresie nieobjętym decyzją określającą wysokość zobowiązania podatkowego. § 2. Korekta złożona w przypadku, o którym mowa w § 1 pkt 1, nie wywołuje skutków prawnych”.
W kontroli celno-skarbowej pierwszy termin wynika z cytowanego wcześniej art. 62 ust. 4 ustawy o KAS. Drugi termin pojawia się po wyniku kontroli. Jeżeli kontrolowany zgadza się w całości albo w części z ustaleniami, może złożyć deklarację albo korektę w terminie 14 dni od doręczenia wyniku kontroli.
Zgodnie z art. 82 ust. 3 i 4 ustawy o KAS:
„Art. 82. 3. W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może złożyć deklarację lub korektę deklaracji, jeżeli zgadza się w całości albo w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed doręczeniem postanowienia, o którym mowa w art. 83 ust. 3, nie wywołują skutków prawnych. 4. Uprawnienie do korekty deklaracji przysługuje nadal po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, jeżeli w wyniku tej kontroli nie stwierdzono nieprawidłowości albo organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w ust. 3”.
Innymi słowy, w kontroli celno-skarbowej decyzja o korekcie powinna być poprzedzona szybką analizą merytoryczną. Trzeba porównać ustalenia organu z dokumentami źródłowymi, policzyć skutki podatkowe i ocenić, czy korekta powinna obejmować całość ustaleń, ich część albo czy podatnik powinien konsekwentnie prowadzić spór.
Protokół kontroli podatkowej i zastrzeżenia
Kontrola podatkowa kończy się doręczeniem protokołu kontroli. Protokół opisuje ustalenia faktyczne, zebrane dowody i ocenę kontrolujących. Podatnik ma 14 dni na przedstawienie zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz wniosków dowodowych.
Zgodnie z art. 291 Ordynacji podatkowej:
„Art. 291. § 1. Kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe. § 2. Kontrolujący jest obowiązany rozpatrzyć zastrzeżenia, o których mowa w § 1, i w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia, wskazując w szczególności, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym. § 3. W przypadku niezłożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń w terminie określonym w § 1, przyjmuje się, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli. § 4. Kontrola zostaje zakończona w dniu doręczenia protokołu kontroli”.
Znaczenie terminu na zastrzeżenia pokazuje wyrok WSA w Warszawie z 28 listopada 2012 r., VIII SA/Wa 512/12, w którym sąd wskazał:
„termin określony w § 1 art. 291 O.p. ma charakter materialny. Terminy materialne nie podlegają natomiast przywróceniu”.
W praktyce zastrzeżenia do protokołu powinny być traktowane jak pierwszy uporządkowany etap sporu. Warto wskazać konkretne fragmenty protokołu, które podatnik kwestionuje, przedstawić własną wersję faktów, dołączyć albo powołać dowody oraz sformułować wnioski dowodowe wprost, a nie wyłącznie polemizować ogólnie z oceną kontrolujących.
Wynik kontroli celno-skarbowej
W sprawach dotyczących przestrzegania prawa podatkowego kontrola celno-skarbowa zasadniczo kończy się wynikiem kontroli. To dokument o dużym znaczeniu praktycznym, ponieważ zawiera informację o stwierdzonych nieprawidłowościach albo ich braku oraz pouczenie o prawie złożenia deklaracji lub korekty deklaracji.
Zgodnie z art. 82 ust. 1 i 2 ustawy o KAS:
„Art. 82. 1. Po zakończeniu czynności kontrolnych dokonywanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, sporządza się, z zastrzeżeniem art. 82a ust. 1, wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową. 2. Wynik kontroli zawiera w szczególności: 1) oznaczenie organu; 2) wskazanie kontrolowanego; 3) datę wydania; 4) zakres kontroli celno-skarbowej; 5) informację o stwierdzonych nieprawidłowościach lub ich braku; 6) pouczenie o prawie złożenia deklaracji lub korekty deklaracji, jeżeli kontrolowany zgadza się w całości albo w części ze stwierdzonymi w wyniku kontroli nieprawidłowościami – w przypadku gdy przepisy ustaw podatkowych przewidują obowiązek złożenia deklaracji; 6a) pouczenie o obowiązku zawiadomienia naczelnika urzędu celno-skarbowego przez kontrolowanego o zmianie swojego adresu dokonanej w ciągu 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli celno-skarbowej, jeżeli w toku kontroli celno-skarbowej ujawniono nieprawidłowości, oraz o skutkach niedopełnienia tego obowiązku; 7) podpis naczelnika urzędu celno-skarbowego albo osoby upoważnionej, z podaniem jej imienia i nazwiska oraz stanowiska służbowego”.
Wynik kontroli wymaga bardzo szybkiej reakcji. Jeżeli podatnik zgadza się z ustaleniami, może złożyć deklarację albo korektę. Jeżeli spór dotyczy tylko części ustaleń, w praktyce trzeba rozważyć, czy korekta częściowa jest korzystna, a następnie przygotować się do sporu co do pozostałego zakresu.
Przekształcenie kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe
Najbardziej charakterystycznym elementem kontroli celno-skarbowej jest możliwość jej przekształcenia w postępowanie podatkowe. Mechanizm ten ma znaczenie szczególnie wtedy, gdy organ stwierdził nieprawidłowości, a podatnik nie złożył deklaracji albo korekty, organ nie zaakceptował złożonej korekty albo sprawa wymaga dalszego rozstrzygnięcia w decyzji.
Zgodnie z art. 83 ust. 1, 1b, 3 i 4 ustawy o KAS:
„Art. 83. 1. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli: 1) kontrolowany nie złożył deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo 2) organ nie uwzględnił złożonej deklaracji lub korekty deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, albo 2a) kontrolowany złożył deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, w których zgodził się w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli, i organ uwzględnił tę deklarację lub korektę, albo 3) organ uwzględnił złożoną deklarację lub korektę deklaracji, o których mowa w art. 82 ust. 3, i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. 1b. W przypadku ustanowienia pełnomocnictwa szczególnego do działania w sprawie kontroli celno-skarbowej uznaje się, że pełnomocnictwo szczególne obejmuje również upoważnienie do działania w sprawie postępowania podatkowego, o którym mowa w ust. 1, oraz w postępowaniu zainicjowanym na skutek wniesionego odwołania, jeżeli kontrolowany nie odwołał pełnomocnictwa szczególnego. 3. Przekształcenie, o którym mowa w ust. 1, następuje z dniem doręczenia kontrolowanemu postanowienia o przekształceniu, na które nie służy zażalenie. 4. Naczelnik urzędu celno-skarbowego, który sporządził wynik kontroli celno-skarbowej, jest właściwy do przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji”.
W powołanym już wyroku WSA w Bydgoszczy z 25 lutego 2026 r., I SA/Bd 504/25, sąd zaakcentował praktyczne znaczenie tego mechanizmu:
„Kontrola celno-skarbowa może bowiem automatycznie przekształcić się w postępowanie podatkowe. W takim przypadku, zgodnie z art. 83 ust. 1b ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, pełnomocnictwo szczególne złożone podczas kontroli celno-skarbowej zachowuje skuteczność także w toku postępowania podatkowego, przekształconego z kontroli celno-skarbowej”.
Mechanikę przejścia z wyniku kontroli do postępowania podatkowego dobrze ilustruje również wyrok WSA w Krakowie z 25 marca 2026 r., I SA/Kr 82/26, w którym sąd opisał następującą sekwencję zdarzeń:
„Skarżąca nie skorzystała z uprawnienia wynikającego z art. 82 ust. 3 ww. ustawy i nie skorygowała w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli. W związku z tym, zgodnie z przepisem art. 83 ust. 1 ustawy z dnia 16.11.2016 roku o Krajowej Administracji Skarbowej, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształciła się w postępowanie podatkowe”.
Przekładając to na praktykę, podatnik po wyniku kontroli celno-skarbowej ma bardzo konkretny wybór procesowy. Może zaakceptować ustalenia w całości albo w części poprzez deklarację lub korektę, może przygotować się do sporu w postępowaniu podatkowym albo może połączyć oba kierunki, jeżeli część ustaleń jest zasadna, a część wymaga dalszej obrony.
Co sprawdzić po otrzymaniu upoważnienia albo wyniku kontroli
W podobnych przypadkach zazwyczaj rekomenduję rozpoczęcie od ustalenia trybu kontroli. Inaczej planuje się reakcję na zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, inaczej na upoważnienie do kontroli celno-skarbowej, a jeszcze inaczej na wynik kontroli, który otwiera czternastodniowy termin na deklarację albo korektę.
W pierwszej kolejności warto sprawdzić organ prowadzący sprawę, podstawę prawną, zakres podatku, okres objęty kontrolą, osoby kontrolujące, termin zakończenia czynności oraz pouczenia dotyczące korekty. Następnie trzeba zabezpieczyć księgi, JPK, faktury, umowy, korespondencję, potwierdzenia płatności, procedury wewnętrzne i osoby, które będą udzielać wyjaśnień.
Jeżeli sprawa dotyczy większych kwot albo ryzyk takich jak VAT, WHT, ceny transferowe, karuzele podatkowe, fikcyjne faktury, koszty usług niematerialnych albo rozliczenia międzynarodowe, z praktycznego punktu widzenia warto od razu stworzyć roboczą mapę ryzyka. Powinna pokazywać, które ustalenia organu są czysto faktyczne, które wymagają dowodów, a które są sporem o wykładnię przepisów.
W kontroli celno-skarbowej szczególne znaczenie przypisuję czternastodniowym terminom na deklarację albo korektę. To krótki czas, w którym trzeba podjąć decyzję wpływającą na dalszy bieg sprawy. Dobrze przygotowana reakcja pozwala ograniczyć zakres sporu, uporządkować materiał dowodowy i uniknąć przypadkowego zaakceptowania ustaleń, które wymagają dalszej analizy.
W kontroli podatkowej kluczowe znaczenie ma natomiast protokół i termin na zastrzeżenia. To moment, w którym podatnik powinien przedstawić konkretną argumentację, a nie odkładać całą obronę na ewentualne postępowanie podatkowe. W praktyce dobrze napisane zastrzeżenia potrafią uporządkować spór jeszcze zanim organ wyda decyzję.
Potrzebujesz indywidualnej analizy podatkowej?
Opisz krótko swoją sytuację i zakres zagadnień, które chcesz przeanalizować.
Artur Chamot – licencjonowany doradca podatkowy (nr wpisu 13805) i radca prawny (nr wpisu GD/GD/2830). Z ponad 13-letnim doświadczeniem, specjalizuje się we wspieraniu przedsiębiorców i osób fizycznych w kluczowych obszarach podatków (CIT, PIT, VAT) i prawa gospodarczego. Praktyczne doświadczenie zdobywał, prowadząc złożone projekty, w tym badania due diligence w procesach M&A oraz prowadząc bieżące doradztwo podatkowe dla osób fizycznych i prawnych.
